Всего существует 5 ядер (самые популярные):

• Vanilla
• CraftBukkit
• Spigot
• MCPC+
• Spout (ещё не до конца разработан)

Vanilla - официальное серверное ядро, выпущенное командой Mojang. Оно всегда выходит самым первым. Скачать его можно на официальном сайте Minecraft.

Плюсы:

• Выходит почти сразу после выхода версии Minecraft.
• Имеет консоль и GUI.
• Можно легко поставить Forge, следовательно и моды.
• Не требует специального лаунчера.

Минусы:

• Выделяет очень много оперативной памяти на каждого игрока. Примерно 50 МБ на игрока
• Нет возможности ставить плагины. Есть только моды, которые заменяют плагины, что не очень удобно.

CraftBukkit - серверное ядро, основанное на Vanilla. Основное преимущество этого ядра в том, что оно занимает меньше памяти и имеет возможность установки плагинов.

Плюсы:

• Более оптимизированное ядро, чем Vanilla. Выделяет примерно 5-15 МБ на каждого игрока.
• Есть возможность поставить плагины.
• Не требует специального лаунчера.

Минусы:

• Имеет только консоль, но сторонние разработчики написали BukkitGUI.
• Нет возможности поставить Forge. Для установки модов, их сначала нужно портировать.

Spigot - оптимизированный CraftBukkit. Так же Spigot абсолютно совместим с CraftBukkit.

Плюсы:

• Более оптимизированное ядро, чем Bukkit. Выделяет меньше памяти.
• Ядро полностью совметимое с CraftBukkit, следовательно плагины от CraftBukkit подойдут на Spigot.
• Увеличение TPS.
• Оптимизированы события роста, подсчет чанков.
• Автоматическое собирание шаров опыта и предметов в стаки.
• Выключено случайное обновление света.
• Возможность создать свое сообщение, при отказе в вайтлисте.
• Возможность конфигурировать записываемые события в лог.
• Свое сообщение при выключении сервера.
• Команда перезагрузки.
• Автоматическое обновление.
• Как и CraftBukkit, не требует специального лаунчера.

Минусы:

• Имеет только консоль, но можно скачать BukkitGUI.
• Нет возможности поставить Forge. Для установки модов, их сначала нужно портировать.

MCPC+ - Модифицированный Spigot, в котором встроена поддержка модов и плагинов.

Плюсы:

• Не нужно портировать моды.
• Есть возможность устанавливать моды и плагины одновременно.
• Ядро полностью совметимое с CraftBukkit, следовательно плагины от CraftBukkit подойдут на MCPC+.

Минусы:

• Имеет только консоль, но можно скачать BukkitGUI.
• Для игры на сервере требуется уже собранный клиент.

Spout - написанный с нуля сервер. У него есть уникальные возможности. Одна из его особенностей в том, что плагины могут подгружаться сразу и с клиента и с сервера. В данный момент Spout находится в стадии разработки. Так же плагины Spout имеют GUI

Плюсы:

• GUI для плагинов.
• Не выделяет большое количество памяти.

Минусы:

• Не поддерживает плагины CraftBukkit.
• Не поддерживает моды Forge.
• Для игры требуется специальный лаунчер.

• Если вам нужен сервер самой последней версии или сервер, на котором не будет много игроков и если вам не нужны плагины, то лучше выбрать Vanilla.
• Если вам нужны только моды, то так же подходит Vanilla.
• Если вам нужен быстрый сервер, на котором должны стоять плагины, а моды не нужны, то лучше выбрать Spigot.
• Если вам нужен сервер, на которым должны быть и моды, и плагины, то подойдет MCPC+.
• Если вам нужен сервер уникальными возможностями, то можно выбрать Spout.